Labor für Paläogenetik

Die Labore für Paläogenetik sind Teil einer größeren Laboreinheit die auf die Analytik von alter DNA aus Sedimenten spezialisiert ist. Das Paläogenetik Labor ist von den anderen molekulargenetischen Laboreinheiten für die Analytik von modernen DNA und dem Post-PCR Bereich räumlich getrennt. In den Laboren für Paläogenetik wird hauptsächlich alte DNA aus Sedimentbohrkernen (terrestrisch oder marine) und Permafrostablagerungen analysiert.

Wir verwenden dabei die Methodik des Metabarcodings und der Metagenomik (shotgun Sequenzierung und DNA hybridization capture) um räumliche und zeitliche Biodiversitätsmuster zu identifizieren. In Abhängigkeit von der Methodik können somit die taxonomische und funktionale Zusammensetzung auf der Ebene von Populationen, Gemeinschaften und dem gesamten Ökosystem abgebildet und deren Veränderungen in arktischen (terrestrischen und marinen) Ökosystemen untersucht werden.

Diese molekulargenetischen Methoden werden genutzt

  • DNA Isolation von Umweltproben und organismischer DNA
  • PCR & quantitative PCR
  • Metabarcoding
  • Metagenomische Analyse
  • DNA hybridization capture
  • Vorbereitung für Amplikon- und shotgun Next-Generation Sequenzierung
  • Mikrosatelliten Analytik – SNP Analytik

Besonderheiten des Paläogenetik Labors

  • Räumlich getrennt von den generellen Genetik-Laboren zur Vermeidung von Kontamination
  • Hoher Reinheitsgrad der Labore (UV-Decken Lampen, Unterteilung in Umkleide, Vorbereitungs- und Hauptlaborräume)
  • Isolation von alter DNA aus Umweltproben (z.B. Seesedimente, Permafrost)
  • DNA Library Präparation und Vorbereitung der Proben für die shotgun Sequenzierung

Eine Auswahl der Laborgeräte

  • UV workstations
  • Fast-Prep®-24 Instrument
  • End-point PCR cycler & Real Time PCR QuantIT3
  • Covaris M220 Focused-ultrasonicator™
  • Qubit 4 Fluorometer
  • 4200 TapeStation

Technik

Die Labore sind unter anderem für folgende Ansätze gerüstet: