Labor für Paläogenetik

Die molekular-genetischen Labore für Umwelt- und Paleogenetik sind spezialisiert auf die DNA-Analyse von organismischem Material (z.B. Pflanzenmaterial von Einzel-Individuen), sowie rezenten als auch alten Umweltproben aus z.B. Seesedimentarchiven und Permafrostablagerungen. Wir verwenden DNA metabarcoding and metagenomics um räumliche und zeitliche Veränderungen der Biodiversität zu charakterisieren und betrachten neben der taxonomischen auch die phylogenetische Zusammensetzung von Gemeinschaften und ihren Wandel in Abhängigkeit von Umweltveränderungen in terrestrischen arktischen Ökosystemen.

Die Labore sind aufgeteilt in generelle Genetik-Labore, die sich in einen Isolationsbereich und dem Post-PCR-Bereich unterteilen, und in Paleogenetik-Labore, die in einem anderen Gebäude lokalisiert sind. Folgende molekular-genetische Anwendungen werden in den Laboren durchgeführt:

  • DNA Isolation von Umweltproben oder Organismen
  • PCR & quantitative PCR
  • Metabarcoding
  • Metagenomics
  • DNA hybridization capture
  • Vorbereitung für Amplikon und shot gun Next-Generation Sequencing (NGS)
  • Klonierung und Vorbereitung für Sanger Sequenzierung
  • Mikrosatelliten – SNP Analysen

Besonderheiten des Paleogenetik Labors

  • Räumlich getrennt von den generellen Genetik-Laboren zur Vermeidung von Kontamination
  • Hoher Reinheitsgrad der Labore (UV-Decken Lampen, Unterteilung in Umkleide, Vorbereitungs- und Hauptlaborräume)
  • Isolation von alter DNA aus alten Umweltproben (z.B. Seesedimente, Permafrost)
  • DNA Library Präparation und Vorbereitung der Proben für die shot gun Sequenzierung alter DNA

Eine Auswahl der Laborgeräte

  • UV workstations
  • Fast-Prep®-24 Instrument
  • End-point PCR cycler & RotorGene qPCR cycler
  • Covaris M220 Focused-ultrasonicator™
  • Qubit 4 Fluorometer & 4200 TapeStation

Technik

Die Labore sind unter anderem für folgende Ansätze gerüstet: