DNA-Amplifikation und Quantifizierung

Der PCR-Thermocycler amplifiziert Fragmente genomischer DNA während der Polymerase-Kettenreaktion. Dazu werden diagnostische genetische Marker, die zur Identifizierung von Taxa verwendet werden aus sedaDNA angereichert. Diese Reaktion ist zentral für das Metabarcoding.

Library Präperation der gesamt sedaDNA und die quantitative PCR (qPCR) sind zentral in der Paläometagenomik. Die qPCR ermöglicht dabei eine relative Quantifizierung der DNA, welche verwendet wird um die optimale Anzahl von Amplifikationszyklen für DNA-libraries zu ermitteln, welche maßgeblich zur Reduktion von Duplikaten und zur besseren Vergleichbarkeit der sedaDNA Next-Generation-Sequenzierungsergebnisse beiträgt.

Nach der Extraktion und/oder Amplifikation können wir die Quantität und Qualität der DNA messen. Der Qubit 4 ist ein Tisch-Fluorometer, das zur genauen Messung der Konzentration von DNA-Lösungen entwickelt wurde. Das 4200 TapeStation System wird angewendet, um die Fragmentlängenverteilung einer DNA-Mischung zu messen. Die Quantität und Fragmentlänge (Qualität) sind notwendig, um den Input für PCR-Reaktionen und die DNA-Molarität zu berechnen, die für die nachfolgende Next-Generation-Sequenzierung der DNA entscheidend ist.