Langzeitdaten werden zunehmend nicht mehr manuell sondern mithilfe autonomer Messsysteme erhoben. Ein Beispiel für ein solches System ist das FerryBox System auf dem Passagierschiff MS Helgoland, das seit 2016 Daten über eine große Parameterbandbreite, z.B. Temperatur, Salz und Sauerstoffkonzentration liefert - und zwar im Minutentakt. Das Schiff befährt täglich die Route Cuxhaven – Helgoland - Cuxhaven. Das Messsystem beprobt kontinuierlich den Wasserkörper entlang des Transektes und liefert damit Messdaten, welche für die Analyse der raum-zeitlichen Variation von Parametern und Prozessen im Küstengebiet dienen. 

Ein weiteres wichtiges Observatorium auf Helgoland ist MarGate. Dieser Unterwasserknoten beherbergt eine Vielzahl an Sensorik und wird für ökologische Unterwasserexperimente genutzt.