Eine Besonderheit dieses Aquariums sind die naturnahen Bedingungen. Umfangreiche technische Einrichtungen mit einem speziellen Filter- und Pumpensystem versorgen das Aquarium kontinuierlich mit frischem Nordseewasser. Stoffwechselbedingte Schadstoffe können sich somit nicht anreichern, so dass eine optimale Wasserqualität, wie sie in der Nordsee vorherrscht gewährleistet ist. Andere naturnahe Bedingungen wie z.B. die jahreszeitlich bedingten Temperaturschwankungen spielen eine wesentliche Rolle im Fortpflanzungszyklus vieler Tiere und Pflanzen.
Durch die sorgfältige Pflege, artgerechte Ernährung und die besonders naturnahen Bedingungen lassen sich viele der gezeigten Fische, Krebse, Stachelhäuter und Weichtiere regelmäßig zur Fortpflanzung bringen.

Das Aquarium als naturnahe Experimentiereinrichtung und das über lange Zeit erworbene "Know-how" über Haltung und Zucht der jeweiligen Organismen kommen Wissenschaftlern und den verschiedenen nationalen und internationalen Forschungsprojekten zugute. Des Weiteren bekommen viele Wissenschaftler Tiere und Pflanzen über den Materialversand des Aquariums geliefert. Neben internen Mitarbeitern werden ebenfalls sehr viele andere Forschungsinstitute, Universitäten und andere Schauaquarien mit Nordseeorganismen beliefert.

Studenten,  Schüler- und Besuchergruppen lernen im Helgoländer Aquarium Wissenswertes über die Meeresbewohner -  von der Evolution bis zur Ökologie.
So hat sich das Aquarium auch als Drehort für meeresbezogene Unterrichts- und Fernsehfilme bewährt. Wechselnde meeresbezogene Ausstellungen erweitern das Informationsangebot.
Zudem ist das Aquarium ein Bindeglied zwischen Wissenschaft und Öffentlichkeit.
Die ca. 25000 Besucher pro Jahr lernen im Aquarium als Schaufenster in die Unterwasserwelt der Nordsee die Tiere und Pflanzen kennen. Dieses Kennenlernen und Bewusstsein wecken für die Vielfalt des Lebens ist sehr wichtig, denn nur was wir kennen und verstehen werden wir auch achten und schützen.