Die Eiderente kommt das ganze Jahr über im Wattenmeer vor. Ab Anfang Mai brütet sie in lockeren Brutkolonien in den Dünen. Das Gros der Eiderenten in der Region wird zum Sommer hin von Zugzüglern von der Ostsee gestellt, die zur Mauser ins Wattenmeer kommen. Nach Untersuchungen von Georg Nehls, der an der Wattenmeerstation Sylt über Eiderenten seine Diplom- und Doktorarbeit angefertigt hat, halten sich dann bis zu 130.000 Tiere im schleswig-holsteinischen Wattenmeer auf. Die Zahl der anschließend im Gebiet überwinternden Enten schwankt von Jahr zu Jahr sehr und liegt mit im Mittel 80.000 Tieren etwas niedriger.
Solch hohe Zahlen haben immer wieder zu Besorgnis bei Miesmuschelfischern geführt. Die Eiderente ernährt sich nämlich vornehmlich von Muscheln. Das sind zu 75 Prozent Herzmuscheln, aber eben auch Miesmuscheln. Diese können sich die Enten sogar aus 35 Meter Wassertiefe vom Meeresgrund heraufholen. Die Muscheln werden als Ganzes geschluckt und erst im kräftigen Kaumagen zerkleinert. Obwohl von den Enten auf diese Weise viele Muscheln aufgenommen werden, stellen sie aber kein Problem für die Muschelfischerei dar. Nur ein kleiner Teil der insgesamt anwesenden Vögel fischt nämlich über den von den Fischern genutzten Kulturflächen. Die übrigen Tiere bedienen sich auf den natürlichen, nicht von Fischern genutzten Miesmuschelbänken.
Die Eiderenten beeinflussen die Muschelfischerei also nicht. Andersrum gibt es sehr wohl Effekte. Erfahrungen aus den Niederlanden zeigen, daß übermäßige Muschelfischerei zu starken Bestandseinbrüchen bei den Eiderenten führen kann, da ihnen die Nahrungsgrundlage genommen wird.