Den größten Teil der Sammlung bildet das Lebenswerk von Friedrich Hustedt. Er hinterließ der Wissenschaft mehr als 60.000 lichtmikroskopische Dauerpräparate und über 20.000 Materialproben (getrocknet oder mit Glycerin fixiert), welche einen besonderen Stellenwert für die Untersuchung mit modernsten Untersuchungsmethoden darstellen.
Hustedt hat in der Regel drei Präparate pro Materialprobe hergestellt und in ein geographisches System geordnet. Von besonders interessanten oder neuen Arten hat er die Präparate in ein taxonomisches System integriert, zum Teil auch Diatomeen in Einzel-Präparate gelegt.

Die Sammlung wird seit ihrer Übergabe kontinuierlich erweitert, in den letzten Jahren sind z.B. die Sammlungen von Dr. Reimer Simonsen (dem ersten Kurator der Sammlung), Dr. Dietrich König, Prof. Dr. Grethe Hasle und zahlreiche Einzelpräparate von anderen Diatomeen-Forschern aus der ganzen Welt hinzu gekommen. Damit ist die Sammlung inzwischen auf über 80.000 Präparate und mehr als 30.000 Materialproben angewachsen.

Zur Sammlung gehört außerdem eine umfangreiche Diatomeen-Bibliothek mit mehr als 6500 Publikationstiteln; Bücher und Sonderdrucke.

Betreut wird die Sammlung zur Zeit von Frau Friedel Hinz.